Церковь с главным престолом в честь святого Симеона Столпника существовала уже в начале XVII века. В патриарших окладных книгах под 1628 годом отмечено: «церковь Симеона Столпника, дани три алтына с денгою, десятильничих гривна».
По писцовым книгам за 1653 г. при храме значились «два двора поповых, двор дьяконов и в приходе 23 двора посадских, сена церковного 5 копен».
По переписным книгам 1703 г., священником был Иван Тимофеев, а «сена по реке Трубежу за Фёдоровской мельницей копен с 5, причетников и пашенной земли нет».

В 1717 г. при Симеоновской церкви устроена была тёплая церковь и освящена во имя святого Николая Чудотворца.

В 1724 г. во время великого пожара, от которого в Переславле сгорели «многия святыя церкви и множество дворов и торговые ряды, все без остатку», сгорела и Симеоновская церковь с тёплою трапезою. Из прошения, поданного в синодальный казённый приказ священником этой церкви Сергием Стефановым с приходскими людьми, видно, что при этой церкви было два придела: в честь Рождества Христова и Феодора Стратилата, что она «построена была обещанием блаженныя памяти царя Феодора Алексеевича», что вся церковная утварь сохранилась от пожара. Но вследствие «малоприходности» в 1726 г. синодальный казённый приказ определил приписать Симеоновскую церковь к Сергиевской.
Священник, вопреки этому распоряжению, просил разрешить построить на погорелом месте новую церковь, ссылаясь на то, что выстроить её обещается прихожанин ратман Пётр Маликов, он же обещается довольствовать священнослужителей «против указу и духовнаго регламанту», что он, священник, имеет от своих прихожан «довольствие своё безнужное». Просьба священника была уважена, и в 1728 г. церковь была выстроена и освящена протопресвитером Преображенского собора Феодором Потапьевым.

В 1771 г., с разрешения преосвященного Геннадия, епископа Переславского, на средства прихожан начата постройка каменной церкви, которая сохранила свой первоначальный наружный вид и до настоящего времени.
Церковь эта пятиглавая, двухэтажная, алтарь имеет три выступа; посредине церковных стен идёт пояс, отделяющий верхний этаж от нижнего; по углам гладкие столбики, высеченные из кирпича; у окон наличники с карнизами, а над ними лепные лики Ангелов; у окон верхней церкви железные одиночные затворы. Алтарь отделяется от храма каменною стеною.
В первом этаже устроен тёплый зимний, на втором - холодная летняя церковь. Рядом - одноэтажная сторожка, соединённая с Церковью аркой ворот.

В 1817 г. к Симеоновской церкви был назначен лектор Владимирской семинарии по еврейскому языку (с 1816 г.) Дмитрий Петрович Лебедев. В 1818 г. он был переведен к церкви погоста Архангельского Шуйского уезда, с 1831 г. священник шуйской Троицкой церкви.

В 1811 г. из богословского отделения Владимирской духовной семинарии назначен учителем Переславского духовного училища Иван Алексеевич Субботин, в 1815 г. - инспектор Суздальского духовного училища, 1816 - инспектор Шуйского духовного училища, с 1818 г. - священник Переславской Симеоновской церкви с оставлением в прежней должности. В 1830 г. назначен к Шуйской Троицкой кладбищенской церкви. В том же, 1830 г. оставляет училище, с 1831 г. - священник Старого Шуйского Покровского собора, с 1845г. - протоиерей. Скончался 20 мая 1860 г.

Священник Симеоновской церкви Феопемпт Михайлович Покровский окончил Владимирскую семинарию в 1832 г. В 1834 г. он был назначен священником Симеониевскои церкви Переславля и лектором во Владимирской семинарии. Он окончил курс первым учеником, и считался в Переславле прекрасным проповедником. С 1839 г. о. Феопемпт был учителем греческого языка в Переславском Духовном училище. В 1864 г. уволился от службы в училище. В 1884 г. в Переславле праздновали юбилей - 50-летие служения о. Феопемпта в священном сане. В 1885 г. о. Феопемпт Покровский вышел за штат.

В 1870-х гг. к Симеоновской церкви была приписана Крестовоздвиженская. В приходе в это время числилось 158 прихожан (только взрослых мужчин, не считали женщин и детей). Причт объединённого прихода по штату состоял из священника и псаломщика. В 1876 г. при Симеоновской церкви служили священник Феопемпт Покровский, диакон на вакансии псаломщика Иаков Садиков и пономарь Андрей Преображенский.
В 1885 г. - к Симеоновской церкви Переславля из с. Рязанцево переведен священник Николай Иванович Конаровский. В 1868 г. он окончил Владимирскую семинарию. В том же году он был назначен учителем в г. Судогду. В 1873 г. назначен священником в с. Новониколаевское Судогодского уезда. В 1876 г. переведен в с. Губцево Меленковского уезда, в 1882 г. в с. Рязанцево Переславского уезда, в 1885 г. в Переславль, в 1895 г. - во Владимир к Сергиевской церкви.
В 1916 г. настоятелем храма был священник Иоанн Веселовский.

В начале 1929 г. духовенство было объявлено противником мероприятий советской власти. В средствах массовой информации появились статьи о том, что весенне-летние церковные праздники срывают сельхозработы, а колокольный звон мешает слушать радио. Переславское отделение связи в июле 1929 г. вынесло на заседание президиума горсовета ходатайство о принятии срочных мер к закрытию церкви Симеона Столпника как мешающей колокольным звоном работе отделения. Для установления «факта мешаемости» создали комиссию под руководством начальника городской милиции, которая после проверки постановила «воспретить производить звон на колокольне Симеоновской церкви, как мешающей работе телеграфа».
В 1930 г. в Переславле стали снимать и отправлять в Рудметалторг сначала монастырские колокола, позднее та же участь постигла и колокола церковные.

В начале 1930-х гг. храм Симеона Столпника был закрыт, уничтожены его иконостасы. В церкви был клуб строителей, потом здание сдавалось в аренду торгу: нижний этаж под склад, верхний под красный уголок.
В 1980-х гг. здесь был народный театр. Храм избежал сноса благодаря активности творческой интеллигенции, сумевшей убедить власти, что церковь имеет сходство с западно европейскими ратушами и Сухаревской башней, а следовательно, представляет собой архитектурную ценность. В 1960 году церкви был присвоен статус памятника истории и культуры XVIII века федерального значения.

В 1992 г. храм возвращён верующим.

Престолов в церкви и в настоящее время, как и прежде, два: в верхней церкви во имя преподобного Симеона Столпника, в нижней во имя святого Алексия, человека Божия.